En una olla con agua hirviendo salada cocinar la coliflor a fuego medio 5 minutos. Retirar y estilar. Reservar aparte unos ramitos pequeños para decorar y picar el resto. Reservar.

En una olla mediana calentar la mantequilla a fuego medio. Agregar la cebolla y cocinar 8-10 minutos o hasta que esté blanda pero no dorada. Añadir la harina, nuez moscada y cayena o ají molido. Cocinar revolviendo 3 minutos. Retirar del fuego y agregar revolviendo la crema, caldo y 2 tazas de agua. Revolver hasta integrar los ingredientes. Volver al calor, agregar el tomillo y cocinar a fuego medio revolviendo hasta hervir.
Reducir el calor y cocinar 5 minutos. Añadir el queso y revolver hasta integrar y derretir el queso. Retirar del calor.

Eliminar las ramitas de tomillo. Añadir los trozos de coliflor reservados y revolver. Verter la mezcla a la procesadora o licuadora; procesar hasta obtener una crema.

Volver la sopa a la olla y agregar los ramitos de coliflor reservados y calentar a fuego medio. Sazonar con sal y pimienta. Servir espolvoreada con las nueces, perejil si se usa y ralladura de limón.